Originaire de Saint-Jean-d'Angély (Charente-Maritime), Jacques Lenot revendique un parcours atypique : autodidacte (même si sa route a croisé celles de Stockhausen, Ligeti et Kagel à Darmstadt, de Bussotti à Rome, de Donatoni à Sienne) ; dévoué au seul processus créateur («  ni instrumentiste ni chef d'orchestre  ») ; indépendant des institutions musicales (son seul poste officiel a été – brièvement – un poste… d'instituteur). Depuis la création, en 1967, de Diaphanéis au festival de Royan, avec l'appui d'Olivier Messiaen, il impose une écriture complexe, tourmentée, très pointilleuse dans le détail de la nuance, de l'attaque, du rythme («D'origine sérielle, résume le compositeur , j'essaie d'élargir ce système à un univers qui m'est propre»). La virtuosité instrumentale y tient un rôle central et, de plus en plus, Jacques Lenot collabore avec les créateurs de ses œuvres pour en repousser encore les frontières. Pourtant, quel que soit leur degré d'abstraction, ses œuvres dévoilent un univers poétique d'une rare intensité.

En 1992, le département du Gers lui offre une résidence de compositeur et lui permet de concrétiser différents projets : conférences, stages et journées pédagogiques, lors desquelles sont créées ses 109 pièces pédagogiques pour orgue. Il se consacre également à l'écriture d'un grand nombre de pièces pour piano, qui n'ont pas encore été créées, et de ses Deuxième et Troisième Livres d'orgue (exécutés par six organistes à l'église Saint-Eustache à Paris, le 15 décembre 1995, à l'occasion de ses cinquante ans).

En 1997, on lui propose de s'installer à Groffliers, dans le Pas-de-Calais. Il peut s'y consacrer à l'écriture d'œuvres plus ambitieuses : les pièces commandées par l'Orchestre national de Lyon et l'Orchestre symphonique et lyrique de Nancy, son premier quatuor à cordes, créé au musée Guggenheim de New York en décembre 1998, et enfin un premier opéra, commande du Grand Théâtre de Genève sur un sujet accepté puis refusé, après son écriture, par les ayants-droit.

À partir de 2000, il choisit de vivre à Roubaix, dans le département du Nord, où il mène de front plusieurs projets : œuvre pour l'Orchestre de Bretagne, commande de Musique nouvelle en liberté et de la Sacem ; concerto pour violoncelle à l'intention de Marc Coppey, commande de l'Orchestre philharmonique de Liège, créé dans cette ville et à Lille en décembre 2002 ; hommage à Franco Donatoni pour la Villa Médicis à Rome ; solo de basson pour Pascal Gallois, joué en direct sur France Musiques et redonné à plusieurs reprises ; aria pour le Quatuor Lalo (membres de l'Orchestre national de Lille) ; pièce pour les quatre-vingts ans du pianiste Claude Helffer.

Le conseil général du Nord lui a commandé une « installation sonore » pour l'exposition temporaire Le Crépuscule des dieux au musée et site d'archéologie de Bavay, inaugurée en juin 2003 ; cela lui a permis de s'initier aux musiques de studio, aux techniques mixtes et aux mixages de ses propres musiques enregistrées.

Il vient d'achever un nouvel opéra pour le Grand Théâtre de Genève, J'étais dans ma maison et j'attendais que la pluie vienne , d'après Jean-Luc Lagarce.